Indonesia er den oversettede fødestedet for profesjonell paleoanthropology. I Europa på midten av 1800-tallet oppdaget forskere en utdødd hominid-art for første gang: neandertalere. Egentlig er det mer nøyaktig å si at neandertalefossiler ble funnet av lekfolk som deretter brakte dem til oppmerksomhet fra kjente anatomister. Det var først i 1890 at en forsker gikk inn i feltet og lette etter hominidbein. Eugene Dubois, en nederlandsk medisinsk lege, reiste til Indonesia, den gang en nederlandsk koloni, på jakt etter menneskelige aner. I 1891 oppdaget han fosser av Homo erectus og gjorde hominidjakt til en riktig forsøk - og gjorde Asia til en destinasjon for paleoanthropologer.
Trinil: Dubois 'funn skjedde nær landsbyen Trinil i Java sentrum. Hans første funn var et hodeskall, som nå er kjent for 700 000 til 1 million år siden. Hodeskallen så menneskelig ut, men den hadde tykke bein, tunge pannerenner og en lav, skrånende panne. Et år senere, i 1892, fikk Dubois et nesten komplett lårbein som så nesten moderne ut. Han bestemte at beinene tilhørte en utdødd art som var en "manglende kobling" mellom aper og mennesker. Han kalte arten Pithecanthropus erectus (“erigert abemann”). Noen ganger kalt Java Man, kalles arten i dag Homo erectus .
Ngandong: Hollandske forskere oppdaget flere H. erectus- fossiler, som representerte 15 individer, i Java på 1930-tallet nær landsbyen Ngandong ved Java's Solo River. Inntil nylig trodde paleoanthropologer at Ngandong-bein representerte en veldig ny populasjon av H. erectus . Tenkt å være så ung som for 30 000 til 50 000 år siden, kunne disse hominidene ha vært samtidige av neandertaler og moderne mennesker som lever i Europa og Vest-Asia. Men nyere feltarbeid og dateringsanalyser antyder at Ngandong-hominidene levde mye tidligere, en gang mellom 143 000 og 546 000 år siden.
Mojokerto: I 1936 avdekket en assistent som jobbet med den nederlandske geologiske undersøkelsen et delvis skalleskap av et to til tre år gammelt barn i østlige Java. Teammedlem Ralph von Koenigswald, en tysk paleontolog, anerkjente hodeskallen som tilhørende en tidlig hominid, H. erectus . Selv om det nøyaktige stedet, og derfor alder, av fossilet er blitt stilt spørsmål ved de siste årene, tror forskere generelt at Mojokerto-hodeskallen er fra rundt 1, 8 millioner år siden. Det gjør det til et av de eldste hominidbenene som noen gang er funnet utenfor Afrika.
Sangiran: Mellom 1937 og 1941 fant von Koenigswald ytterligere H. erectus- fossiler på stedet for Sangiran i sentrale Java. Funnene omfattet tre delvis hodeskaller, delvis kjever og dusinvis av isolerte tenner. Disse fossilene, som dateres til mer enn en million år siden, var med på å bekrefte gyldigheten av artsstatusen til H. erectus . I dag kan turister besøke fossilområdet, som er hjemsted for pågående utgravninger så vel som et museum.
Flores: Indonesias siste hominidfunn var en stor sjokkering. I 2004 kunngjorde en gruppe forskere fra Indonesia og Australia at de hadde funnet en uvanlig samling av fossiler på den indonesiske øya Flores. Benene hørte til et lite hjernehår som stod mindre enn fire meter høyt og veide under 70 kilo - men noen av fossilene var bare 17 000 år gamle. Forskerne bestemte at "Hobbit" tilhørte en ny art, Homo floresiensis . Når artens stamfar, kanskje H. erectus, ankom øya, utviklet hominiden seg til å bli mindre som en tilpasning til å leve på en liten øy. Kritikere sier imidlertid at Hobbiten faktisk er et moderne menneske med en slags vekstforstyrrelse.
