Etter å ha nådd Stillehavet i november 1805, etablerte korpset Fort Clatsop, nær dagens Astoria, Oregon, som vinterkvarter. Så 23. mars 1806 satte de slitne oppdagelsesreisende hjem og St. Louis. De hentet hestene sine fra Nez Percé-indianerne og krysset Bitterroot-fjellene. Ekspedisjonen skiltes i to partier i nærheten av dagens Lolo, Idaho, for å utforske landet mer grundig på hjemturen; gruppene ville være fra hverandre i mer enn en måned. I løpet av den tiden ble Lewis 'selskap angrepet av Blackfoot-krigere, hvorav to ble drept i kampene, ekspedisjonens eneste blodsutgytelse. Like etterpå tok den halvblinde private Pierre Cruzatte feil for Lewis etter en elg og skjøt ham i låret. Da Lewis ble gjenforent med Clark, ble benet nesten reparert. Når han nå St. Louis 23. september 1806, bemerket Clark: "Vi ble møtt av hele landsbyen og fikk en hjertelig velkomst." Korpsets 8000 mil lange reise var over.
Sgt. John Ordway
Sergeant Ordway, et av de opprinnelige medlemmene av korpset, hadde hjulpet til med å organisere ekspedisjonens første vinterleir nær St. Louis. Som de andre sersjantene førte Ordway journal, men han var den eneste som registrerte en daglig oppføring. 21. september 1806, da korpset nådde St. Charles (i dagens Missouri), skrev Ordway: "Mot kvelden ankom vi St. Charles avfyrte tre runder og slo leir i den nedre enden av byen. Byen samlet seg på banken og kunne knapt tro at det var oss for de hadde hørt og hadde trodd at vi alle var døde og var glemt. "
Det høsten fulgte Ordway også Lewis og en delegasjon av Mandan og Osage-indianere til Washington, DC for å diskutere fremtidig amerikansk handel med disse stammene. Senere solgte han dagboken til Lewis og Clark for $ 300, og flyttet til Missouri-territoriet, hvor han giftet seg og begynte å dyrke jord i nærheten av New Madrid. I desember 1811 rammet tre store jordskjelv området; mellom 500 og 1000 mennesker omkom. Da det femte jordskjelvet rammet 7. februar 1812, var det knapt et hus som sto, og New Madrid ble en spøkelsesby. Lite er kjent om Ordway etter dette; forskere spekulerer i at jordbrukslandet hans kan ha blitt gjort ubrukelig fra jordskjelvene og at han døde i fattigdom.
Kaptein Meriwether Lewis
23. september 1806 skrev Lewis til president Jefferson: "Det er med glede at jeg opplyser deg om den trygge ankomst av meg selv og fest .... I lydighet til ordrene dine har vi penitrert Nord-Amerikas kontinent til Stillehavet, og utforsket tilstrekkelig det indre av landet til å bekrefte med tillit til at vi har oppdaget den mest praktiske ruten som dose finnes over kontinentet ved hjelp av de farbare grenene i elven Missouri og Columbia. "
Både Lewis og Clark ble sjenerøst belønnet for sine tjenester, hver mottok store pakker med tomt og dobbeltlønn. President Jefferson utnevnte Lewis til guvernør for territoriet i Upper Louisiana i mars 1807; uforklarlig ventet Lewis et år før han dro til St. Louis for å påta seg sine nye verv. Når han en gang var der, fikk han seg gjeld ved å kjøpe land og forberede ekspedisjonstidsskriftene for publisering. President James Madison, som hadde etterfulgt Jefferson, nektet å tilbakebetale ham for utgiftspenger han ba om å returnere Mandan- og Osage-delegasjonen til hjemlandet, og krigsekretær William Eustis antydet at Lewis ville tjene på midlene. I august 1809 skrev en bekymret Lewis til Eustis: "Jeg har aldri mottatt en krone med offentlige penger .... Jeg har blitt informert om at det er kommet representasjoner mot meg, - alt jeg ønsker er en full og rettferdig etterforskning." På slutten av 1809 forlot Lewis St. Louis til Washington, DC for å fjerne navnet sitt. Lewis var sterkt deprimert og forsøkte selvmord to ganger underveis. Da han ankom et veihus i Tennessee 10. oktober, avsluttet den 35 år gamle oppdagelsesreisende livet med å skyte seg selv med to pistoler.
James Neelly, indisk agent for Chickasaw Nation, skrev øyeblikkelig til Thomas Jefferson: "Det er med ekstrem smerte jeg må informere deg om døden til hans eksellenskap Meriwether Lewis, guvernør i øvre Louisiana som døde morgenen den 11. Instant og jeg beklager å si fra selvmord .... [Jeg] hadde ham så anstendig begravd som jeg kunne på det stedet - hvis det er noe som ønsket av vennene hans om å bli gjort til hans grav, vil jeg følge instruksjonene deres. "
Etter Lewis 'død gikk Madison-administrasjonen med på å betale saldoen av de omstridte regningene.
Kaptein William Clark
Selv om Clark ikke fikk kapteinsoppdraget som Lewis hadde anbefalt, fikk Clark innvilget to utnevnelser: brigadier-generalen for militsen og superintendent av indiske saker for territoriet i Upper Louisiana. I 1813 ble han utnevnt til guvernør i Missouri-territoriet, en stilling han hadde til 1820. Etter Lewis 'død ble ekspedisjonstidsskriftene sendt til Clark, som overførte dem til redaktør Nicholas Biddle. To-bindende tidsskrifter ble presentert for publikum i 1814, ti år etter at korpset begynte sin episke reise; deres publisering forårsaket lite røre.
Clark-biograf Landon Y. Jones bemerker: "I 30 år etter ekspedisjonen rangerte William Clark som den ledende føderale tjenestemannen i Vesten, poengmann for seks presidenter, fra Jefferson til Van Buren, som stolte på ham med å beskytte amerikanske interesser på territorium bittert omstridt av både Storbritannia og Spania. " Clark legemliggjorde motsetningene fra sin tid; mens han oppfordret regjeringen til å behandle indianere rettferdig, tvang traktatene han meglet til flytting av titusenvis. Clark døde i en alder av 68, i 1838, i St. Louis-hjemmet til sin førstefødte sønn, Meriwether Lewis Clark.
Sacagawea
Syv år etter hennes gjenforening med Shoshone dukket Sacagawea og mannen opp på Fort Manuel, et handelssted nær dagens Bismark i Nord-Dakota, der Toussaint hadde funnet arbeid som tolk hos Missouri Fur Company. Journalisten Henry Brackenridge skrev at Sacagawea var syk "og lengtet etter å besøke hjemlandet." Hun fikk aldri sjansen. 20. desember 1812 skrev John Luttig, fortets hovedkontor, i loggboken sin at Sacagawea "døde av en dårlig feber, hun var en god og de beste kvinnene i fortet." Hun ville ha vært omtrent 25 år. Hun etterlot seg to biologiske barn: 7 år gamle Jean Baptiste og 4 måneder gamle Lisette.
Året etter begjærte Luttig, muligens representant for William Clark (som han hadde jobbet for) Orphans 'Court i St. Louis for vergemål for Jean Baptiste og Lisette. (Da ble Toussaint antatt død, etter å ikke ha blitt sett på et halvt år.) Luttigs navn ble til slutt krysset ut på begjæringen og erstattet med navnet til Clark, som i det minste betalte for Baptiste utdanning. (Baptiste reiste senere til Europa, hvor han ble værende i seks år. Da han kom tilbake til USA, jobbet han som fangstmann med Jim Bridger og Kit Carson.) Lisettes skjebne, og den fra nevøen til Sacagawea, er ukjent.
Jean Baptiste
I løpet av ekspedisjonen ble William Clark veldig glad i Sacagaweas baby, ble hans verge og finansierte senere utdannelsen sin på en internat i St. Louis.
De kjente fakta i Baptiste sitt liv er få. I 1823 besøkte hertug Paul Wilhelm Friedrich Herzog fra Wurttemberg, Tyskland, en handelspost i dagens Kansas City, hvor han møtte den da 18 år gamle mannen, som jobbet som guide og tolk. De to reiste til Europa, hvor Baptiste ble værende i seks år. Han far til et barn med en tysk kvinne, men babyen, en gutt, døde etter tre måneder, og Baptiste kom tilbake til USA. Han satte kurs mot West og jobbet til slutt som fangstmann med Jim Bridger og Kit Carson.
Baptiste slo seg ned i California, og tjente som alkalde, eller sorenskriver, ved San Luis Rey-oppdraget. I 1866 sluttet han seg til gullprospektører på vei mot Montana-territoriet. Underveis utviklet han lungebetennelse og døde kort tid etter, i en alder av 61 år, i Oregon nær Idaho-grensen, etter å ha overlevd alle ekspedisjonens medlemmer unntatt Sgt. Patrick Gass.
York
Etter at ekspedisjonen var avsluttet, reiste Clark i 1807 til St. Louis for å påta seg oppgaver som sjefindisk agent for territoriet Upper Louisiana, og førte York med seg. En rift utviklet seg mellom de to mennene: York hadde ønsket å forbli i Kentucky, i nærheten av sin kone, som han ikke hadde sett på snart fem år. Han begjærte også Clark for sin frihet - og tenkte kanskje på dobbeltlønnen og 320 dekar de andre mennene fikk for sine tjenester på ekspedisjonen. Disse forespørslene traff Clark som formodende som kom fra en slave. Clark tillot York til slutt å returnere til Kentucky i 1808 for et kort besøk. Men Clark skrev til broren Jonathan: "Hvis york gjøres forsøk på å stikke av eller nekte å forme sin plikt som slave, ønsker jeg ham sendt til New Orleans og solgt, eller leid ut til noen alvorlige mester til han tenker bedre av slik oppførsel. "
I et brev (nå i Jonathan Clark Papers — Temple Bodley Collection i Filson Historical Society i Louisville) til sin bror datert noen måneder senere, skrev Clark: "Jeg ønsket å gjøre det bra av ham - men som han har fått slikt en forestilling om frihet og hans tjenester, som jeg ikke forventer at han vil være til stor tjeneste for meg igjen; jeg tror ikke med ham at hans tjenester har vært så store (eller at situasjonen min ville lovet meg å frigjøre ham). "
York vendte tilbake til St. Louis i begynnelsen av 1809, men Clark så fortsatt på ham ugunstig. "Han er her, men med veldig liten tjeneste for meg, " skrev Clark til Jonathan. "[York er] insolent og Sulky, jeg ga ham en alvorlig trouncing den andre dagen, og han har mye reparert Sence."
Den siste omtale av York i William Clarks brev vises i august 1809; Clark var så misfornøyd med ham at han bestemte seg for å leie ham ut eller selge ham. John O'Fallon, Clarks nevø, skrev i 1811: "Begrepet [York] ble leid inn til Mr. Young i går gikk ut, men jeg tror agreable å be Mr. Fitzhugh har igjen leid ham til en Mr. Mitchell som bor omtrent syv miles fra dette stedet .... Jeg forstår at han i det hele tatt er blitt likegyldig kledd av Young .... "O'Fallon bemerker videre at Yorks kone hadde flyttet med sin herre og resten av hans husholdning til Mississippi; det er lite sannsynlig at York og kona så hverandre igjen. Ti år etter ekspedisjonens slutt var York fortsatt slaveret og jobbet som vogn for Clark-familien.
I 1832 intervjuet forfatteren Washington Irving Clark og spurte om Yorks skjebne. Clark svarte at han endelig hadde frigjort York og sa overraskende at hans tidligere slave ikke var fornøyd med friheten hans og prøvde å vende tilbake til Clark - døende av kolera underveis.
Men gjorde han det? I 1832 fant pelshandler Zenas Leonard, som besøkte en Crow-landsby i Nord-sentrale Wyoming, "en neger-mann, som informerte oss om at han først kom til dette landet sammen med Lewis og Clark - som han også returnerte til staten Missouri, og om noen år kom tilbake igjen med en Mr. Mackinney, en handelsmann på Missouri-elven, og har vært her helt siden - som er omtrent ti eller tolv år. "
Den 17. januar 2001 forfremmet president Clinton York posthum til rang som æresersjant, Regular Army.
