Mens ekspedisjonen ble organisert ved bredden av Mississippi-elven i februar 1804, skrev William Clark til sin eldre bror Jonathan, som han var kommet til å stole på for veiledning og råd. Tjue år eldre enn William hadde Jonathan vært oberstløytnant i revolusjonskrigen og en britisk krigsfanger fra 1780 til 1781. Det var først etter Jonathans prøveløslatelse i 1781, da han kom hjem for å sitte ute resten av krigen, at brødrene hadde blitt godt kjent med hverandre. Som den eldste søsken av Clark på ti år, hadde Jonathan blitt noe av en farsfigur for den yngre mannen. Da William forlot Indiana i oktober 1803 med det nyutviklede Corps of Discovery, tilbrakte Jonathan to dager med ham og reiste med kjølbåt nedover elven Ohio.
I dette brevet, hentet fra Dear Brother, en samling av William Clarks brev redigert av James J. Holmberg, forteller William Jonathan om hendelser som førte til overføring av Louisiana-territoriet fra fransk og spansk styre til amerikansk styre, som skulle finne sted mars 9, 1804, i St. Louis. (En offisiell landoverføringsseremoni, som varte i 21 dager, hadde blitt holdt i New Orleans sent på 1803.) Louisiana-kjøpet endret naturligvis ekspedisjonens art fra et skjult søk etter en nordvestpassasje til en åpen speiding av handelsposter og fremtidige oppgjør.
Kjære bror
St. Louis 25. februar. 1804
Brevet ditt den første januar sendte jeg innlegget før den siste, og skulle ha skrevet deg av sist, men jeg var på den tiden så uvel at jeg ikke kunne .... Kaptein Lewis og jeg kom til dette stedet på kort tid siden, for å [gjøre] de nødvendige ordningene for vår ruting opp Missoureis, som neste gang vil være i aprill,
Lt. Govr. av dette stedet fikk bestillinger fra forrige uke fra sin regjering om å overlevere denne provinsen til kaptein Stoddard ajunt av den franske republikk & Comdt. for at USA skulle motta Coloney for de nevnte stater ... en flott middag og porrade fant sted ved Lt.-guvernørene - i morges la kaptein Stoddard et krav på vegne av den franske republikk og innhente et svar, fra lensmann Govr. at han ville ekspedere levering, og han ville fikse på en tid så snart som mulig .... vi spiste som i går med lensmann Govr. en mest sumpcious middag og en stor Compy. en stor del av formalitet og parade ble vist_ Kaptein S [toddard] har vist meg alle sine ordrer & c. som han har til hensikt å utstede, er de slike som jeg er veldig enig i ....
Vær så snill å presentere meg oppriktig for søsteren John Mr. & Ms Temple & den famely og tro meg til å ha mer enn broderi effekt Wm Clark