Eastern State Penitentiary kan ha protestantiske røtter, men den hadde også en jødisk synagoge, som sammen med sin rike historie ble avslørt for publikum i en begrenset periode i april 2008.
Selv om den jødiske fengselsbefolkningen aldri utgjorde mer enn 80 på en gang, var det en sterk jødisk tilstedeværelse på fengselet helt tilbake til 1845. Lokale rabbinere kom til å råde de innsatte og gi religiøse lesninger.
I begynnelsen av 1920-årene, etter at Pennsylvania isolasjonssystem var blitt forlatt, talte Alfred Fleisher, daværende president i fengselets styreverv, for bygging av en synagoge for bedre å imøtekomme behovene til de jødiske innsatte. Fanger og lokale frivillige forsøkte å bygge det religiøse senteret i de tidligere øvingsgårdene i cellblock syv.
Det var en utsmykket plass, med dekorert tak og rødt flislagt gulv. Benker foret veggene mens et leserbord og Torah Ark ark fylte rommet. Fleisher ble med i de innsatte for hver gudstjeneste ved synagogen frem til hans død i 1928. Senere samme år ble synagogen viet til Fleisher og en bronseplakett ble reist i hans minne.
Andre minneverdige deltakere av synagogen inkluderte Joseph Paull, en berømt jødisk sterkmann som ble invitert av Fleisher i 1923 for å underholde de innsatte med sine krefter om styrke. Paull utviklet en god rapport med de innsatte, og vendte tilbake for tjenester og forsynte fengselet mat fra sin kosher slakterbutikk. Senere lærte han om vanskeligheten som noen fanger møtte - de var kvalifisert for prøveløslatelse, men kunne ikke løslates fordi de ikke hadde sikret arbeid - laget han et program som matchet fanger med arbeidsgivere. Paull ville fortsette å være en lojal tilhenger av fengselssamfunnet frem til hans død i 1966.
Tjenestene ved synagogen fortsatte til fengselets nedleggelse i 1971. Forlatt i de neste 33 årene, ville det falle i en stor tilstand av forfall. Steinvegger som førte til synagogeinngangen kollapset, hindrer tilgang, og deler av gipsloftet falt fra forringelse på grunn av vannskader. I 2004 prøvde University of Pennsylvania-studenten Laura Mass, etter å ha forsket på fengsel for sin utdannelse i historisk bevaring, forsøkt å avdekke det glemte tilbedelseshuset under puin.
Under utgravningen fant Mass rester av det dekorative gipsloftet, sider i en feriesangbok og deler av en Davidsstjerne. Disse funnene oppfordret det historiske nettstedet Eastern State Penitentiary til å opprette en restaureringskomité for synagogen. I dag fortsetter gjenoppbyggingen av Alfred W. Fleisher-synagogen, og forventes å bli med i fengselsstraffens offentlige turné i oktober 2009.
Synagogen i 1995 før den ble ryddet opp. (Greg Brooks) 
"Den tapte synagogen" ved Eastern State Penitentiary. (Eastern State Penitentiary Historic Site) 
"Den tapte synagogen" ved Eastern State Penitentiary. (Eastern State Penitentiary Historic Site)
